Là 5 thuộc tính tự nhiên nhất khi thi triển nhẫn thuật, và cũng chỗ đó có Ngũ Đại Cường Quốc Ninja làm đại diện: Hỏa, Thủy, Thổ, Phong, Lôi.

Thủy độn

Hệ Thủy (水遁 (Thủy Độn)/ すいとん, Suitom?) là một trong những nguyên tố Biến Đổi Tự Nhiên thường được dùng bởi ninja đến từ làng Sương mù, Hokage đệ nhị Senju Tobirama,Momochi Zabuza,Hoshigaki Kisame,...Hatake Kakashitrước đây đã từng chiến đấu với ninja từ làng Sương mù này dùng sharingan sao chép cũng có thể dùng vài thuật thủy độn. Hầu hết các thuật thủy độn cần một nguồn nước có sẵn để thực hiện, như một cái hồ hay vũng nước. Dù sao, Hoshigaki Kisame và Hokage Đệ Nhị có thể tạo ra nước từ cơ thể của mình để dùng cho thuật  (trường hợp này chỉ những bậc thầy về Thủy Thuật mới có thể làm được).

Một trong thuật những ngoại lệ là Thủy Độn: Thủy Trận Bích (水遁：水陣壁, Suiton: Suijinheki?), để người dùng có thể phun bức tường bảo vệ bằng nước từ miệng dù vậy họ cũng có thể dùng nguồn nước khác nếu có thể.[3]

Trên việc vận động cơ bản nước từ cơ thể để tấn công hay phòng thủ, người dùng có thể làm rắn chắc nước thành một bản sao của chính mình để tham gia trận chiến.[4] Phân thân phải ở trong tầm của người dùng để có thể hoạt động, khiến đối thủ dễ dàng bỏ chạy. Ninja làng Sương mù có thể giam hãm đối thủ với Thủy Lao Chi Thuật–(水牢の術|Suirō no Jutsu trong một quả cầu nước hầu như không thể thoát ra. Vì người dùng phải giữ bàn tay lên quả cầu để thuật này hiệu nghiệm, thủy phân thân có thể được dùng để tấn công kẻ thù khác trong khi người ban đầu duy trì thuật.[4]

Thủy độn là một trong những nguyên tố kết hợp ra các Huyết Kế Giới Hạn như: Băng độn, Phỉ độn, Sa độn.

Thổ độn

Hệ Thổ (土遁 (Thổ Độn)/ どとん, Doton?) nằm trong nguyên tố Biến Đổi Tự Nhiên, là những thuật cho phép người dùng điều khiển đất nhằm phòng thủ hoặc tấn công thường được các ninja của Làng Đá sử dụng. Ngoài ra, Thổ Thuật rất hữu dụng để hỗ trợ từ đó, người dùng có thể độn thổ hoặc đi xuyên qua đá. Thổ Thuật thường có ấn Tỵ khi thực hiện, Thổ thuật có khả năng thay đổi độ cứng của đất, như cứng như kim loại hoặc dẻo như đất sét.

Người sử dụng có thể tạo ra đất hơn là sử dụng nguồn đất có sẵn., điển hình là Hokage Đệ Tam. Các Ninja của làng Đá rất thông thạo các thuật hệ Thổ như Ohnoki và Muu... Theo tự nhiên, Thổ mạnh hơn Thủy nhưng lại yếu hơn Lôi.

Hệ Thổ cũng là một trong những nguyên tố kết hợp ra các Huyết Kế Giới Hạn như: Dung độn, Mộc độn và Huyết Kế chọn lọc: Trần độn.

Hỏa độn

Hệ Hỏa (火遁 (Hỏa Độn)/ かとん, Katon?) là thuật cho người dùng điều khiển lửa bằng cách tăng nhiệt độ của chakra, thường là để tấn công tầm trung, tầm xa, phát nổ và gây sát thương lớn. Hỏa độn thường bắt đầu với ấn Dần. Thuật cơ bản của Hỏa độn là Hào Hỏa Cầu Chi Thuật - Gougakyuu no Jutsu, rất nhiều ninja có thể sử dụng được thuật này như Kakashi, Itachi, Jiraiya,... đặc biệt là tộc Uchiha của Làng Lá.

Một số ninja có thể sáng tạo thêm hình dáng hoặc đặc tính của thuật để tạo ra các biến thể như Katon: Hosenka no Jutsu (Phụng Liên Đạn) của Sasuke hoặc Jiraiya đã kết hợp với dầu hỏa của Gamabunta tạo ra Katon: Gamayu Endan no Jutsu (Cáp Mô Du Liệt Đạn) trong trận đánh với Orochimaru.

Hỏa độn là một trong những nguyên tố kết hợp ra các Huyết Kế Giới Hạn như: Dung độn, Chước độn, và Huyết kế chọn lọc: Trần độn.

Lôi Độn

Hệ Lôi (雷遁 (Lôi Độn)/ らいとん, Raiton?) nằm trong những nguyên tố Biến Đổi Tự Nhiên, những thuật cho phép người dùng tạo ra điện bằng cách tăng tần số rung động của Chakra, có thể đâm thủng vật rắn và rất nhanh. Điện làm cho mục tiêu bị tê liệt, không thể cử động để cuối cùng bị dính đòn chí mạng.

Điện có thể truyền qua vũ khí như các hệ Chakra khác thông qua dòng chảy Chakra làm vũ khí trở nên sắc bén, khi bị đánh trúng sẽ bị tê liệt. Lôi thuật được các Ninja Làng Mây sử dụng nhiều, theo tự nhiên Lôi Thuật mạnh hơn Thổ Thuật nhưng lại yếu hơn Phong Thuật. Lôi cũng có quan hệ với nước vì khi 2 hệ này kết hợp sẽ tạo ra một sức mạnh đáng gờm. Bản thân Kakashi cũng đã sáng tạo ra các chiêu thức dùng Lôi độn như Thiên điểu (Chidori) và Lôi thiết (Raikiri), và sau này Sasuke kế thừa thầy, cũng sáng tạo thêm nhiều chiêu thức Lôi độn khác kết hợp với thanh kiếm Kusanagi của mình như Kỳ lân (Kirin) và Lôi kiếm (Raiken).

Phong Độn

Hệ Phong (風遁 (Phong Độn)/ ふうとん, Fuuton?) là một trong những nguyên tố Biến đổi tự nhiên tạo nên những thuật tấn công cho phép người sử dụng tạo ra gió bằng chakra của mình sao cho sắc bén và mỏng nhất có thể được, giống như lưỡi dao hoặc cây kéo điển hình là Dao Chakra của Sarutobi Asuma... hoặc có thể ngăn chặn phi tiêu, vũ khí nhỏ như khi Temari đấu với Ten Ten. Nhân vật chính của bộ truyện, Uzumaki Naruto có thể thêm hệ Phong vào chakra của mình để tạo ra Rasen Shuriken, chiêu thức có thể cắt đứt toàn bộ hệ chakra của đối thủ

Là nhân tố hiếm nhất trong năm nguyên tố chakra cơ bản mặc dù này lại khá phổ biến ở các ninja Làng Cát. Phong thuật thích hợp cho những đòn tấn công từ tấm ngắn cho tới tầm trung, kết hợp sức mạnh vô cùng lớn và sự chính xác để tạo ra những nhát cắt với sức mạnh lớn. Người dùng thậm chí có thể chuyển chakra tính phong của mình vào thanh kiếm để tăng phạm vi tấn công và cũng như sức mạnh của nhát chém.

Có thể đạt hệ phong được bằng cách học làm thế nào để cắt một chiếc lá ra làm đôi với chakra và sau đó học cách để ngăn chặn dòng chảy của nước.

Theo tự nhiên, Hệ Phong bản thân nó rất mạnh khi chống lại những đòn Lôi thuật, và tương tự lại khá yếu khi chống lại những đòn tấn công của Hỏa thuật. Trong trường hợp kết hợp các thuật, nó làm gia tăng sức mạnh của các thuật Hệ Hoả cũng như làm tăng sức mạnh rung chuyển của Thủy thuật.

Phong khi kết hợp với các nguyên tố khác cũng tạo ra các Huyết kế giới hạn: Băng độn, Chước độn.

Các công thức dung hợp, tương sinh, tương khắc các độn tự nhiên:

Hỏa có thể được cường hóa bởi Phong và Thổ (dạng nhớt)

血継限界 (Kekke Genkai): Huyết Kế Giới Hạn

Hỏa + Thổ = Dung Độn - 鎔遁 (Yōton)

Phong + Thủy = Hàn Độn - 氷遁 (Hyōton)

Phong + Lôi = Từ Độn - 磁遁 (Jiton)

Thổ + Thủy = Mộc Độn - 木遁 (Mokuton)

Thổ + Lôi = Bộc Độn - 爆遁 (Bakuton)

Thuỷ + Lôi = Lam Độn - 嵐遁 (Ranton)

Hoả + Thuỷ = Phí Độn - 沸遁 (Futton)

Phong + Hoả = Chước Độn - 灼遁 (Shakuton)

Phong + Thổ = Thạch Độn

血継淘汰 (Kekke Tōta): Huyết Kế Chọn Lọc

Hoả + Thổ + Lôi = Trần Độn - 塵遁 (Jinton)

Lôi có thể được cường hóa bởi Thổ (dạng từ), Thủy và bị Phong khắc chế

Hỏa Độn→Phong Độn→Lôi Độn→Thổ Độn→Thủy Độn→Hỏa Độn→…